中交广航局派出广州号、金雄号、浚海5、浚海6等挖泥船，负责沉管隧道基槽工程。沉管沉放前，需要用挖泥船开出基槽，沉管入槽后水密连接，顶部施加覆盖层。广州号自航耙吸式挖泥船，主要用于沉管基槽的粗挖。广州号40分钟就能装满5250立方米的泥沙，但随后需航行30海里到大万山岛倾倒，来回得花上5-6个小时，所以一天大概只装3船左右。金雄号是国内最大的抓斗式专用精挖船，拥有一个高9米，重达110吨的30立方米抓斗。浚海5、浚海6是广州文冲造船厂，为广州航道局最新建造的两艘10288立方米自航耙吸挖泥船，总长131.3米、型宽25.4米、设计吃水7.0米。这批高端施工机械，使工程建设如虎添翼。